直到十一世纪初, 基督教会基本上已经分裂成以拜占庭 (君士坦丁堡) 为首的东正教和以罗马为首的天主教. 就在这一时期, 信奉伊斯兰教的突厥人 (Turk) 在中亚建立了塞尔柱帝国 (Seljuk Empire), 并开始大举入侵拜占庭帝国 (东罗马帝国).
为了抵御突厥人的入侵, 拜占庭帝国皇帝阿莱克修斯一世 (Alexios I Komnenos) 写信给当时的罗马教宗乌尔班二世 (Pope Urban II) 向他求援. 教宗乌尔班二世认为这是统一基督教会的大好机会, 因此他发布了一系列的通告给所有的欧洲教会, 宣告对穆斯林的圣战, 号召欧洲各地基督徒起来成立十字军, 以帮助拜占庭帝国击退进犯的突厥人和解放受穆斯林统治的圣城耶路撒冷为目标. 任何加入十字军的人所犯的罪立时得着赦免.
从此以后的250年间, 有着多次的十字军东征. 第一次十字军的成军主要是来自于法国和德国地区的基督徒平民. 他们加入十字军的目的主要是为了让他们所犯的罪得着赦免以及摆脱贫困. 很不幸地, 尽管十字军的敌人应该是穆斯林, 但每当这些十字军经过欧洲各地的犹太社区时, 他们一方面大肆抢劫掠夺当地的犹太人, 并强迫犹太人受浸信主耶稣, 另一方面凶残地屠杀所有不肯受浸的犹太人, 不分男女老幼. 欧洲犹太人在十字军的肆虐下死伤极为惨重, 包括了在法国, 德国, 匈牙利, 和巴尔干半岛地区的犹太人.
当时欧洲基督徒普遍看待十字军对待犹太人的暴行是可以接受甚至是可称颂的, 谁叫犹太人是 “杀耶稣者”? 此外, 为了将十字军杀人合理化, 罗马教宗解释说, 主耶稣教导要爱你的仇敌是指着其他基督徒说的, 而不是对非基督徒而言. 因此十字军抢掠和杀害犹太人不算犯罪.
那些由平民组成的十字军除了屠杀犹太人和被他们误解为穆斯林的匈牙利人 (其实是基督徒) 外, 并没有机会去到耶路撒冷. 他们在小亚细亚与突厥人交战被打得大败, 最后全军覆没.
主后1099年, 另一支由武装贵族和骑士组成的正规十字军坐船经由海路兵临耶路撒冷城下. 当时耶路撒冷人口约有十万, 虽然是在穆斯林统治下, 但却是一个和平的城市. 穆斯林, 基督徒, 和犹太人彼此和睦同居. 当十字军攻破耶路撒冷时, 他们基本上不分青红皂白地屠尽了耶路撒冷全城的人. 十字军把耶路撒冷的所有犹太人都赶进大会堂关起来, 然后在高举十字架和高声歌唱圣诗之下把整个大会堂付之一炬.
因着十字军的缘故, 十字架对于犹太人来说非但不是救恩的记号, 反而成了迫害, 残酷, 恐惧, 与死亡的象征. 至今大多数犹太人仍然不信主耶稣, 其实有很多因素在内, 不能单纯归因于犹太人 “心硬”, 因为基督教会在历史当中相当漫长的一段时间事实上都是犹太人信主耶稣最大的拦阻.