直到十一世紀初, 基督教會基本上已經分裂成以拜占庭 (君士坦丁堡) 為首的東正教和以羅馬為首的天主教. 就在這一時期, 信奉伊斯蘭教的突厥人 (Turk) 在中亞建立了塞爾柱帝國 (Seljuk Empire), 並開始大舉入侵拜占庭帝國 (東羅馬帝國).
為了抵禦突厥人的入侵, 拜占庭帝國皇帝阿萊克修斯一世 (Alexios I Komnenos) 寫信給當時的羅馬教宗烏爾班二世 (Pope Urban II) 向他求援. 教宗烏爾班二世認為這是統一基督教會的大好機會, 因此他發布了一系列的通告給所有的歐洲教會, 宣告對穆斯林的聖戰, 號召歐洲各地基督徒起來成立十字軍, 以幫助拜占庭帝國擊退進犯的突厥人和解放受穆斯林統治的聖城耶路撒冷為目標. 任何加入十字軍的人所犯的罪立時得著赦免.
從此以後的250年間, 有著多次的十字軍東征. 第一次十字軍的成軍主要是來自於法國和德國地區的基督徒平民. 他們加入十字軍的目的主要是為了讓他們所犯的罪得著赦免以及擺脫貧困. 很不幸地, 儘管十字軍的敵人應該是穆斯林, 但每當這些十字軍經過歐洲各地的猶太社區時, 他們一方面大肆搶劫掠奪當地的猶太人, 並強迫猶太人受浸信主耶穌, 另一方面兇殘地屠殺所有不肯受浸的猶太人, 不分男女老幼. 歐洲猶太人在十字軍的肆虐下死傷極為慘重, 包括了在法國, 德國, 匈牙利, 和巴爾幹半島地區的猶太人.
當時歐洲基督徒普遍看待十字軍對待猶太人的暴行是可以接受甚至是可稱頌的, 誰叫猶太人是 “殺耶穌者”? 此外, 為了將十字軍殺人合理化, 羅馬教宗解釋說, 主耶穌教導要愛你的仇敵是指著其他基督徒說的, 而不是對非基督徒而言. 因此十字軍搶掠和殺害猶太人不算犯罪.
那些由平民組成的十字軍除了屠殺猶太人和被他們誤解為穆斯林的匈牙利人 (其實是基督徒) 外, 並沒有機會去到耶路撒冷. 他們在小亞細亞與突厥人交戰被打得大敗, 最後全軍覆沒.
主後1099年, 另一支由武裝貴族和騎士組成的正規十字軍坐船經由海路兵臨耶路撒冷城下. 當時耶路撒冷人口約有十萬, 雖然是在穆斯林統治下, 但卻是一個和平的城市. 穆斯林, 基督徒, 和猶太人彼此和睦同居. 當十字軍攻破耶路撒冷時, 他們基本上不分青紅皂白地屠盡了耶路撒冷全城的人. 十字軍把耶路撒冷的所有猶太人都趕進大會堂關起來, 然後在高舉十字架和高聲歌唱聖詩之下把整個大會堂付之一炬.
因著十字軍的緣故, 十字架對於猶太人來說非但不是救恩的記號, 反而成了迫害, 殘酷, 恐懼, 與死亡的象徵. 至今大多數猶太人仍然不信主耶穌, 其實有很多因素在內, 不能單純歸因於猶太人 “心硬”, 因為基督教會在歷史當中相當漫長的一段時間事實上都是猶太人信主耶穌最大的攔阻.